מקדחי עץ צוברים בקלות נסורת, שרף ואבק לאחר השימוש. אם לא מנקים אותו באופן מיידי, הדבר עלול להשפיע על יעילות החיתוך ולהאיץ קורוזיה, ובכך לדרוש תחזוקה וניקוי שוטפים.
לאחר כל שימוש, הסר מיד נסורת ואבק ממשטח המקדחה. השתמש במברשת, במטלית רכה או באוויר דחוס כדי לנקות את חריצי המקדחה וקצוות החיתוך, תוך התמקדות בהסרת פסולת שהצטברה מהחריצים כדי למנוע-הצטברות לטווח ארוך להשפיע על ביצועי הסרת השבבים.
אם שרף, דבק או שאריות שרופות נדבקים למשטח המקדחה, נגב אותם עם אלכוהול, חומר ניקוי מיוחד או כמות קטנה של חומר ניקוי רוזין. עבור משקעים עקשניים, השרו תחילה לכמה דקות, ולאחר מכן צחצחו בעדינות עם מברשת רכה. אין להשתמש במברשת פלדה קשיחה, מכיוון שהדבר עלול לפגוע בקצה החיתוך.
לאחר הניקוי, יבש היטב את המקדח כדי למנוע משאריות לחות לגרום לחלודה. עבור מקדחי פלדה במהירות גבוהה-או פלדת פחמן, מומלץ למרוח שכבה דקה של שמן נגד-חלודה על פני השטח כדי לשפר את עמידות החמצון, חשוב במיוחד כאשר מאוחסנים בסביבות לחות.
