עקרון העבודה של מקדח לעיבוד עץ הוא ליצור פעולת חיתוך באמצעות סיבוב-במהירות גבוהה, הסרה הדרגתית של עץ שכבה אחר שכבה כדי ליצור חור. התהליך כולו מסתמך בעיקר על פעולה מתואמת של שלושה שלבים: מיקום קצה המקדחה, חיתוך קצה חיתוך והסרת שבב חריץ ספירלי.
בתחילת הקידוח, הקצה המרכזי של המקדח לעיבוד עץ יוצר קשר ראשון עם משטח העץ. בגלל החדות שלו, הקצה המרכזי יכול לחדור במהירות לעץ ולשמש כאלמנט מיצוב, ולמנוע מהמקדחה להחליק או לסטות על משטחים חלקים. שלב זה קובע את דיוק המיקום והיציבות של חור הקידוח.
קצוות החיתוך הממוקמים משני צידי הקצה המרכזי מתחילים את עבודתם. קצוות הקצה חותכים תחילה את סיבי העץ, ויוצרים את קו המתאר החיצוני של החור, בעוד קצוות החיתוך העיקריים ממשיכים לחתוך פנימה ולהסיר את חומר הביניים. תחת הפעולה המשולבת של סיבוב ולחץ צירי, המקדח מתקדם ללא הרף לתוך העץ, ויוצר בהדרגה חור שלם.
הכמות הגדולה של שבבי עץ הנוצרים בתהליך החיתוך מתבצעת מהחור דרך החריצים הספירליים במקדחה. החריצים הספירליים לא רק מסירים שבבים אלא גם מפחיתים חיכוך וחום, ומונעים מהעץ להישרף או מהמקדחה להיתקע. באופן כללי, ניתן לסכם את עקרון העבודה של מקדחה לעיבוד עץ כ: מיקום מרכזי, חיתוך סיבובי והסרה מתמשכת של שבבים, ובכך להשיג קידוח יעיל וחלק של העץ.
